Nel frattempo la PCA si era formalmente sciolta, quindi Kasparov decise di fondare con Louis Rentero, organizzatore del famoso Supertorneo di Linares (Spagna), una nuova federazione, la WCC (World Chess Council). Per selezionare lo sfidante di Kasparov venne organizzato un match fra due fortissimi giocatori: Anand ed il russo Kramnik. Ma stavolta lo scacchista indiano rifiutò cortesemente l'invito, per cui venne chiamato il lettone, naturalizzato spagnolo, Alexei Shirov a sostituirlo. La sfida, disputata a Linares, vide come vincitore proprio l'astro emergente Shirov, che quindi nel giro di pochi mesi avrebbe dovuto incontrare Kasparov per il titolo mondiale WCC (in pratica ex PCA).
Gli eventi presero però bruscamente una piega diversa. Non solo il match del mondiale WCC venne annullato da Kasparov adducendo problemi relativi agli sponsor, ma Shirov ebbe pure parecchie difficoltà ad incassare i premi per il suo match con Kramnik! In seguito Kasparov cercò di rintuzzare le critiche che gli piovevano addosso con il tentativo d'ingaggiare nuovamente Anand per un match valido per il titolo mondiale WCC - scordandosi così definitivamente del sacrosanto diritto acquisito di Shirov di essere lo sfidante - ma l'incontro, dopo vari rinvii, non venne organizzato. Per completare l'incredibile girandola dei possibili candidati per il titolo WCC, essendo ormai saltato ogni possibile accordo con Shirov, fu ripescato d'urgenza il nome di Kramnik per un match da svolgersi a Londra nel 2000, prolungando così a ben cinque anni l'arco di tempo in cui Kasparov era stato esentato dal mettere in palio la sua corona.
In acque non molto migliori navigava la FIDE. Cercando di attirare maggiori sponsor, il presidente Kirsan Ilyumzhinov e la dirigenza decisero di confermare per il Campionato Mondiale 1999 la formula spettacolare dell'anno precedente, in cui i tradizionali match medio-lunghi dei passati Tornei dei Candidati erano stati sostituiti da brevi match ad eliminazione diretta, decisi talvolta in caso di parità da ulteriori partite di spareggio con cadenza rapid chess. La variazione sostanziale introdotta rispetto all'edizione del 1998 è che d'ora in avanti il Campione del Mondo in carica avrebbe dovuto partecipare fin dall'inizio al Torneo Knock-Out, invece di sfidarne il vincitore al termine dello stesso. Da più parti si era fatto notare, infatti, che Karpov probabilmente avrebbe perso il suo titolo già a Losanna se avesse incontrato un Anand fresco e non duramente provato dal Torneo KO, com'era invece avvenuto l'anno prima.
Il cambiamento del regolamento, chiaramente, non fu gradito da Karpov, che decise dopo varie polemiche di non partecipare, cedendo anticipatamente lo scettro di campione della FIDE. A parziale difesa della drastica decisione dello scacchista russo, si può affermare non era mai successo prima che un Campione del Mondo in carica dovesse ripassare per le fasi eliminatorie per difendere il suo titolo.
Il Mondiale KO 1999, dopo diversi rinvii per mancanza di finanziamenti, iniziò a Las Vegas il 31 Luglio. A parte Karpov, c'erano altre illustre defezioni: erano assenti Kasparov, mai riconciliatosi con la FIDE, il russo Alexander Morozevich, astro nascente e 4° giocatore della lista mondiale (escludendo Fischer), l'indiano Anand e l'ungherese Zsuzsa Polgar, ex campionessa mondiale femminile. Quest'ultima non partecipò ritenendo che la FIDE le avesse tolto ingiustamente il titolo, assegnato poi d'ufficio alla cinese Xie Jun, vincitrice del match contro la Galliamova. Era presente invece la sorella Judit Polgar (cfr. foto), probabilmente la migliore giocatrice di tutti i tempi. Presenti anche il russo Kramnik, il lettone Shirov, l'intramontabile Korcnoj, l'olandese Timman, il redivivo Kamsky, che dopo la sconfitta con Karpov si era un po' ritirato dall'agonismo, l'ucraino Ivanchuk, il bulgaro Topalov, l'israeliano Gelfand e gli inglesi Short e Adams. Insomma, quasi il meglio dello scacchismo internazionale.
Ma di tutti gli scacchisti citati, durante il corso della competizione, non si salvò nessuno, tranne Adams che giunse in semifinale. Gli altri, turno dopo turno, vennero falciati da tre nomi relativamente nuovi: l'armeno Akopian, il romeno Nisipeanu e il russo Khalifman. Sorprese gli addetti ai lavori soprattutto l'ascesa di Nisipeanu, forse il meno conosciuto dei tre, che sconfisse in maniera abbastanza convincente Ivanchuk negli ottavi di finale e Shirov nei quarti. La sua corsa però si fermò in semifinale, quando dovette incontrare Khalifman: dopo aver terminato con il punteggio di 2 a 2 le quattro partite regolari, perse per 1½ a ½ il tie-break costituito dalle partite rapid chess. Nell'altra semifinale Akopian fece meno fatica di Khalifman per sbarazzarsi dell'avversario: Adams fu battuto con il punteggio 2½ a ½ già al termine delle quattro partite regolari.
Pertanto il 22 Agosto 1999, fra la sorpresa di tutti (e forse la delusione di molti ammiratori di Judit Polgar), si trovarono di fronte per la finalissima Akopian e Khalifman. L'assegnazione del titolo sarebbe stata decisa al meglio di sei partite regolari, più l'eventuale tie-break a cadenza veloce.
Vladimir Akopian è nato il 7 Dicembre 1971 a Baku, la stessa città natia di Kasparov, e si è subito rivelato un talento scacchistico. Nel 1986 ha vinto il titolo mondiale Under 16, nel 1989 quello Under 18 e nel 1991 quello Under 20.
Alexander Khalifman è nato il 18 Gennaio 1966 a San Pietroburgo. Spiccò il volo nell'arena internazionale nel 1982 vincendo il Campionato Under 16 dell'URSS e conquistando tre anni dopo il titolo europeo Under 20. Nel 1990 si è piazzato primo al Torneo Open di New York, mentre nel 1996 ha conquistato il titolo di Campione della Russia.
Al momento della finale lo scacchista armeno aveva in classifica 2646 punti Elo, mentre il russo 2628.
Nonostante ci fossero dunque le premesse di una finale di sicuro interesse tecnico e agonistico, gli spettatori presenti alla prima partita del match furono ben pochi, appena una quarantina circa, e purtroppo relativamente piccolo è stato l'impatto che l'evento ha avuto sui mass-media (chi ricorda i bei tempi delle sfide fra Karpov e Kasparov, per non parlare del match Fischer-Spassky?), a riprova che la scissione fra FIDE e WCC fece più male che bene agli scacchi.
Akopian e Khalifman fecero del loro meglio per onorare l'impegno della sfida mondiale, giocando partite di buon livello. Al primo turno il russo passò subito in vantaggio, pur giocando con il Nero. Seguì una veloce patta in appena 18 mosse, poi nel terzo turno Akopian raggiunse il rivale con una bella vittoria in un finale di Torre e Pedoni. Khalifman però si rifece subito dopo, vincendo la quarta partita e dando la sensazione di essersi meglio preparato per la competizione di Las Vegas rispetto al suo avversario. La quinta partita fu una combattuta patta in 49 mosse, pertanto si giunse alla sesta e decisiva partita in cui Akopian doveva assolutamente vincere per poter sperare di prolungare il match portandolo nella fase del tie-break. Ma Khalifman aveva i Bianchi e giocò quella che, a detta di tutti, è stata dal punto di vista tecnico la miglior partita della finale. Alla 21ª mossa inventò una spinta efficacissima di Pedone che stroncò le aspirazioni di Akopian, costringendolo ad entrare dopo altre venti mosse in un finale d'Alfieri di colore contrario chiaramente patto. Il match si concludeva pertanto con il punteggio di 3½ a 2½ in favore del russo, incoronato nuovo Campione del Mondo FIDE.